Pas in de 17e eeuw begon men met de ontginning van dit hoogveengebied ten zuidoosten van de stad Groningen. Er werd een kanaal gegraven om van daaruit het gebied te ontginnen en turf te steken. Op 26 maart 1628 voer het eerste schip door dit 'oude' Winschoterdiep, dat nu grotendeels gedempt is. Dit moment wordt gezien als het officiële ontstaan van de gemeente. Het kanaal liep vanuit Groningen in de richting van het 'Sappe Meer', ook wel 'Duivelsmeer' genoemd. Bij het graven van dit diep stootte men op een hoger gelegen zandstrook, het 'Hooge Sant'. Zo ontstonden dus de namen Hoogezand en Sappemeer.

Tot ver in de 20e eeuw bleven de beide gemeenten apart bestaan. Na een aantal vergeefse pogingen en vele verhitte discussies werden Hoogezand en Sappemeer in 1949 uiteindelijk samengevoegd tot één gemeente.

De ontstaansgeschiedenis van de buitendorpen Kropswolde (1249), Westerbroek (1323) en Foxhol (1460) gaan overigens verder terug dan die van Hoogezand en Sappemeer. Kiel-Windeweer (1647) is van recentere datum.

De geschiedenis van Hoogezand-Sappemeer is uitgebreid beschreven in het in 2003 verschenen boek 'Hoogezand-Sappemeer 375 jaar'.